En el Área de Computación y Sistemas se cultivan distintas líneas de investigación, cada una de ellas con sus objetivos:

1) Gráficas y Algoritmos, con énfasis en Gráficas de Clanes. Cuyo objetivo es contribuir a la construcción de la teoría que se está desarrollando a nivel mundial para comprender mejor las gráficas, los algoritmos y sus interrelaciones.

2) Ingeniería de Software. Cuyo objetivo es estudiar y desarrollar técnicas que ayuden a construir sistemas de software que puedan ser entregados en tiempo, costo y calidad. Para lo anterior se realiza investiga, evalúa y proponen métodos, estrategias y técnicas sobre: 1.Procesos de desarrollo de software, 2.Gestión de la calidad del producto software, 3.Modelos de datos semánticos, 4.Procesamiento inteligente de datos.

3) Cómputo Paralelo y Distribuido. Cuyo objetivo es estudiar los modelos y problemáticas asociados al cómputo paralelo y distribuido, con la finalidad de proponer soluciones que faciliten el desarrollo de aplicaciones que requieran el uso de múltiples procesadores, así como metodologías para mejorar su desempeño. También abordamos el estudio de las infraestructuras distribuidas constituidas por dispositivos móviles y autónomos con la finalidad de construir aplicaciones inherentemente distribuidas usando el paradigma par a par.

4) Aprendizaje Maquinal. Cuyo objetivo es estudiar y crear técnicas para el análisis de datos a fin de obtener conocimiento y patrones útiles de dichos datos. Estudiar la factibilidad o modificación en su caso para un conjunto masivo de datos.

El Área de Ingeniería Biomédica tiene como objetivo, el desarrollo y evaluación de nuevos métodos, objetivos y no invasivos, que coadyuven al diagnóstico y tratamiento de padecimientos en los diferentes campos de la medicina. Lo anterior buscando siempre un impacto positivo en la calidad de la atención médica en México.

Los temas cultivados por los integrantes del área son:

1. Audiología
2. Biofísica, Simulación y Control
3. Ingeniería de Fenómenos Fisiológicos Perinatales
4. Instrumentación Médica Electrónica

Estas investigaciones tienen como objetivo resolver alguna problemática planteada por Instituciones del Sector Salud. Las investigaciones de los integrantes del área se realizan en colaboración con instituciones de atención a la salud, gracias a los vínculos de colaboración que hemos desarrollado a lo largo de más de 20 años, dentro y fuera del país.

El desarrollo en el procesamiento digital de señales e imágenes y los avances en sistemas digitales impulsó en el Departamento de Ingeniería Eléctrica a un grupo de profesores-investigadores a especializarse en estos campos del conocimiento, con énfasis en el tratamiento de señales e imágenes biomédicas, para ofrecer un apoyo al diagnóstico médico.

La investigación en el área de PDSIB se realiza con base a la estrecha colaboración con grupos de investigación, nacionales e internacionales, en diferentes universidades, con institutos de investigación del sector salud y con diversas entidades dedicadas al cuidado de la salud. Algunos de los campos donde PDSIB busca impactar son:

• Cardiología
• Neurología
• Sistema Respiratorio
• Instrumentación e Imagenología Médica

El Área de investigación en Optimización e Inteligencia Artificial tiene por objetivo general desarrollar proyectos de investigación que aporten a la generación de conocimiento en optimización e inteligencia artificial, y sus aplicaciones.

Los métodos de optimización abordan cada vez un mayor número de aplicaciones en diversos campos del conocimiento. Pueden ser aplicados en ingeniería, medicina, economía, geografía, etc., con frecuencia se presentan situaciones que pueden analizarse como un problema de optimización donde el compromiso entre la solución y sus costos se resuelve mediante la aplicación de técnicas como programación lineal, programación cuadrática, modelos multi-objetivos, o métodos novedosos como los heurísticos.

Hoy en día los Sistemas en Comunicación se encuentran en todas partes, como ejemplo los sistemas de telefonía modernos y las redes de datos. Con las nuevas tecnologías no sólo se obtiene un mayor provecho de los recursos y un procesamiento más eficiente, sino que mejora significativamente el desempeño y produce una reducción de los costos de operación, trayendo consigo un incremento en los volúmenes de datos manejados, traduciéndose en nuevos servicios de telecomunicaciones.

Los sistemas de comunicaciones se encuentran en todas partes, a través de diferentes medios y con contenidos diversos, como ejemplo los sistemas de telefonía Modernos y las Redes de Datos. Dentro de los proyectos que abordamos en el área podemos citar: radios cognitivos, difusión de información en redes vehiculares, campañas de medición del espectro en ciudades como México o Bogotá, apoyo en la toma de decisiones para el intercambio eficiente de información urgente o prioritaria, almacenamiento y difusión de datos considerando su contexto o significado.

El área de investigación en Álgebra está conformada por diez investigadores, los cuales se encargan, entre otras cosas, de la investigación en temas de teoría de anillos, teoría de módulos, teoría de códigos, geometría algebraica, lógica matemática y teoría de números algebraicos. Además de graduar jóvenes en éstas disciplinas a nivel licenciatura y posgrado, nuestros investigadores apoyan parte de nuestra licenciatura y posgrado en matemática básica y aplicada. El área de álgebra tiene el reconocimiento de Cuerpo Académico Consolidado por parte de la SEP.

Los proyectos de investigación que se cultivan en el Área son:

1. Análisis numérico. 
2. Dinámica computacional de fluidos y medios porosos.
3. Problemas inversos, control y sistemas dinámicos 
4. Modelación y simulación numérica en finanzas.

El área de Topología está conformada por seis profesores-investigadores de tiempo completo. Los temas de investigación del área son los siguientes:

1. Topología General.
2. Conexidad y sus generalizaciones.
3. Algebra topológica, grupos topológicos.
4. Espacios de funciones continuas.

Cada año los integrantes del área publican entre 8 y 10 artículos de investigación, aparte de libros y artículos de divulgación. El seminario del área de Topología funciona de manera regular y está diseñado tanto para los alumnos de maestría y doctorado, como para los investigadores con experiencia en el campo.

Los profesores del área dan cursos de varias disciplinas a todos los niveles, incluyendo las del Tronco Básico, licenciatura, maestría y doctorado. Cuatro de los integrantes del área son miembros del Sistema Nacional de Investigadores, y tres de ellos tienen el nivel III en el SNI. El área de Topología tiene el reconocimiento de Cuerpo Académico Consolidado por parte de la SEP. Desde la formación del área 12 estudiantes se doctoraron y 7 termiraron tesis de maestría.

El Área de Biofisicoquímica está dedicada al estudio de la estabilidad y función de macromoléculas biológicas a través de la combinación de los aspectos termodinámicos, cinéticos y estructurales de tales sistemas.

El Área de Catálisis, fue creada en 1977 y desde entonces contribuye a la generación de conocimiento en temas de actualidad, relacionados con el desarrollo y estudio de materiales catalíticos con aplicaciones diversas como, su forma de acción en los procesos de reformación y oxidación de hidrocarburos, requerimientos energéticos, reducción y/o eliminación de contaminación del medio ambiente: en agua residual, en acuíferos y en atmósfera.

El Área de Electroquímica de la UAM-Iztapalapa tiene como objetivo estudiar los procesos asociados a la transferencia de carga entre un conductor electrónico y un conductor iónico.

El Área de Fisicoquímica de Superficies  tiene como objetivo el realizar investigaciones fundamentales, tanto teóricas como experimentales, sobre los fenómenos en los que se conjuntan los fluidos y las interfases, por ejemplo: los fenómenos de interacción sólido-fluido (adhesión), tales como la adsorción física y el mojado, y fluido-fluido (cohesión), como la condensación capilar y la coalescencia, especialmente en medios porosos.

En el Área de Fisicoquímica Teórica se realizan estudios sobre la estructura electrónica, las propiedades fisicas y químicas, la relación estructura-actividad y la reactividad de las especies químicas, así como investigaciones sobre los aspectos fundamentales de la teoría de funcionales de la densidad (TFD).

Hasta hace relativamente poco Química Analítica era un sinónimo de Análisis Químico (y aún en muchas universidades, centros de investigación e industrias en todo el mundo se sigue pensando así). Sin embargo, desde el punto de vista contemporáneo la Química Analítica debe entenderse como una ciencia interdisciplinaria que busca resolver  problemas muy diversos.

El Área de Química Cuántica trabaja con métodos de la química cuántica en la investigación teórica de superficies de potencial y propiedades moleculares en sistemas que van desde moléculas pequeñas o de gran tamaño, tanto orgánicas como inorgánicas. El trabajo de investigación se fundamenta en las bases teóricas a nivel electrónico en reacciones químicas, fuerzas inter o intramoleculares, puentes de hidrógeno y espectros rotacionales y vibracionales. También se desarrollan y aplican métodos de simulación molecular al estudio de propiedades macroscópicas de interfases.

El Área de Química Inorgánica enfoca su investigación  a la ciencia de materiales con las siguientes líneas de investigación generales: imanes unimoleculares, química y física de nuevos materiales, materiales inorgánicos modernos de interés tecnológico

El Área de Zoología desarrolla investigaciones encaminadas a la resolución de problemas biológicos, ecológicos, sistemáticos y morfológicos de la fauna terrestre y acuática. Se busca que los proyectos de investigación que se realizan incidan en el aprovechamiento y conservación de los recursos naturales renovables y se contribuya a la formación de recursos humanos de alto nivel. Así mismo, se promueve el trabajo inter y multidisciplinario.

En esta Área sus integrantes la mayoría son profesores Titulares y solo 2 son Asociado D de Tiempo Completo e indeterminado. Un profesor es SNI Nivel 1 y otro más es Nivel 2. La mayoría cuenta con perfil PRODEP-SEP.
Sus grupos de Investigación son cinco: Reproducción Animal Asistida, Biología de la Reproducción de la Fauna Silvestre, Bioquímica Hormonal, Endocrinología de la Reproducción Animal y Manejo Sustentable de Recursos Agropecuarios. Trabajan con modelos experimentales (roedores), con animales productivos (bovinos, caprinos, ovinos, porcinos, lepóridos, aves para carne y huevo) y con animales silvestres (borrego cimarrón, murciélago, guajolote, iguana, rana y lagartija).

En esta Área sus integrantes la mayoría son profesores Titulares de Tiempo Completo e indeterminado. Cuatro pertenecen al Sistema Nacional de Investigadores SNI Nivel 1. La mayoría cuenta con perfil PRODEP-SEP.
Sus grupos de Investigación son dos: Manejo de Agroecosistemas Sustentables y Estudios Regionales de Sistemas Agropecuarios Sustentable, trabajan en sistemas productivos de animales (bovinos para carne y leche, caprinos, ovinos, caballos y abejas) y de producción silvopastoril.

El Área de Alimentos está integrada por 14 profesores investigadores, de ellos 12 tienen el grado de Doctorado y 2 cuentan con Maestría en Ciencias. De todos ellos, 7 pertenecen al Sistema Nacional de Investigadores. Se encuentran distribuidos en los laboratorios de investigación y cubículos localizados en los Edificios “S” (1er piso) y “R” (PB), así como en la Planta Piloto 2 (Lácteos).

El Área de Bioquímica de Macromoléculas integrada por 5 profesores investigadores, todos con doctorado y de todos ellos, 4 pertenecen al Sistema Nacional de Investigadores. Se encuentran distribuidos en los laboratorios de investigación y cubículos localizados en los Edificios “S” (1er piso) y “R” (PB), así como en la Planta Piloto 1. Las líneas de investigación se muestran más abajo por grupos de trabajo.

El Área de Microbiología fue creada en 1979 y desde 2010 está integrada por 25 profesores investigadores y un técnico académico, todos con grado de Doctorado y perfil Prodep; 21 de ellos pertenecen al Sistema Nacional de Investigadores. Se encuentran distribuidos en los laboratorios de investigación y cubículos localizados en los Edificios “S” (1er piso) y “W” (PB y 1er piso), así como en las Plantas Piloto 4 de Fermentación Sólida y 9 de Tratamiento de Aguas Residuales. Debido a su productividad científica y tecnológica, a lo largo de su historia ha ganado 7 Premios a las Áreas de Investigación otorgados por la UAM.

Los objetivos del área van encaminados al conocimiento acerca de la interacción de los gametos de mamíferos así como el proceso de fertilización in vitro y el desarrollo embrionario temprano, tomando como modelo de estudio al cerdo. Estos estudios pueden ser aplicados en la mejora de las técnicas de reproducción asistida tanto en animales, como en humanos y se emplean para conocer el efecto de diferentes agentes tóxicos en el proceso reproductivo.
También se realizan estudios relacionados con la desnutrición, ya que la generación del conocimiento de los efectos causados por este padecimiento en los niveles celular, genético y molecular contribuye a la comprensión de manera integrada de las consecuencias del padecimiento y de los posibles mecanismos implicados en ellas.

El objetivo del área es generar conocimiento en los campos de la biología experimental, bioquímica, biología molecular y fisiología celular, empleando modelos celulares y tejidos, de origen vegetal o animal. Un rasgo distintivo del área es el estudio y la comprensión del estrés oxidante sobre los diversos fenómenos y modelos de estudio.Las investigaciones del área, están enfocadas al estudio de problemas de salud pública en el país, como el deterioro asociado al envejecimiento y la obesidad. El entender los mecanismos bioquímicos y moleculares involucrados, así como las vías de señalización, permitirá establecer terapias adecuadas.

Asimismo, en el área se realizan investigaciones dirigidas al estudio del desarrollo y germinación de semillas, vías de movilización de sustancias de reserva, vías de señalización involucradas en el mecanismo de acción de hormonas y la respuesta a diversos tipos de estrés. Así como, de realizar estudios para el aprovechamiento de recursos fitogenéticos de consumo directo o para la extracción de principios activos de interés farmacológico o alimentario e investigaciones enfocadas a disminuir el desperdicio de alimentos y garantizar la seguridad alimentaria.

Los objetivos del área son generar y contribuir al conocimiento de la Genética, Diferenciación y Proliferación Celular y la Biología Molecular de la Fertilización, sus mecanismos de regulación así como los factores y condiciones que los modifican. Otro objetivo es establecer establece la importancia de la relación estructura y función de las proteínas de secreción en salud y enfermedad.

Los objetivos del área son realizar investigación fisiológica, farmacológica y epidemiológica, para generar conocimientos, métodos, medicamentos e instrumentos que coadyuven a la preservación de la salud de la población mexicana.
Estudiar los factores predisponentes de riesgo para la presentación de patologías crónico- degenerativas, así como el desarrollo de estrategias para su prevención y tratamiento
Estudiar la eficacia del tratamiento con acupuntura, a través de la medición de parámetros electrofisiológicos, de diferentes entidades nosológicas.

El objetivo del área es desarrollar investigación en ciencias biológicas y de la salud tendiente a su aplicación en la atención de enfermedades prioritarias en el país en el menor tiempo posible.

Área Consolidada. Su creación fue aprobada en el año 2002 con el propósito de realizar diagnosis de la zona costera a partir del estudio de las características fisicoquímicas y de las comunidades biológicas, integrando la información con el fin de establecer su valor ecológico. Asimismo, obtener respuestas concretas a problemas específicos de relevancia social (eutroficación, contaminación, destrucción de hábitat) y proponer alternativas de uso, manejo y/o conservación. Integrantes: Dra. Laura Georgina Calva Benítez, Master Ofelia Castañeda López, M. en C. Dora Silvia Díaz Ruiz, Dra. Margarita Elizabeth Gallegos Martínez, Dr. Francisco José Gutiérrez Mendieta, Dr. Ramón Andrés López Pérez, Dra. María del Rocío Torres Alvarado, Dr. Antonio Zolio Márquez García. Proyectos de investigación vigentes: "Caracterización Ecológica de los Ambientes Costeros Mexicanos" (DCBS), "Estado de salud, conservación y vulnerabilidad de ecosistemas de pastos marinos del litoral del Golfo de México" (DCBS), "Fortalecimiento de la línea base del Golfo de México: Indicadores del estado de salud de las comunidades de pastos marinos en la reserva de la Biosfera los Petenes, Campeche" (DCBS), "Estudio de la acidificación del océano y su efecto en las comunidades arrecifales del Pacífico sur mexicano (SEP/CONACyT)", "Variación temporal de la acidificación y su efecto sobre los corales constructores de arrecife de la costa de Oaxaca (PRODEP)" y "Estado de salud, conservación y vulnerabilidad de ecosistemas de pastos marinos del litoral del Golfo de México" (INE-CONABIO).

Área Consolidada. Su creación fue aprobada en el año 2012 con el objetivo de generar conocimiento en Filogenia Molecular, Taxonomía, Florística, Biogeografía y Biología de la Conservación de Macro y Microalgas presentes en los cuerpos acuáticos de México. Integrantes: el Dr. Kurt Martin Dreckmann Estay, la M. en C. María Eugenia Zamunido Resendiz y el Dr. Abel Sentíes Granados. Proyectos de investigación vigentes: “Taxonomía y Biogeografía del Fitoplancton Marino y Salobre en Costas Mexicanas, con énfasis en el Pacífico tropical Mexicano y porción sur del Golfo de México” (DCBS) y “Diversidad de macroalgas marinas mexicanas: filogenia y biogeografía” (DCBS).

Área Consolidada. Creada en el año 2010 con el objetivo de evaluar los recursos acuáticos a través de estudios de genética molecular, histología-histopatología y de sensibilidad a parámetros ambientales y estresores, así como de cultivo, para generar información integral que permita su conservación y manejo. Constituida por dos grupos: 1) Ecotoxicología y 2) Genética y Acuicultura. En el grupo de Ecotoxicología se encuentran las Dras. Guadalupe Barrera Escorcia, Xochitl Guzmán García y Patricia Ramírez Romero. En el grupo de Genética y Acuicultura la Dra. Irene de los Ángeles Barriga Sosa y el Dr. Gerardo Figueroa Lucero. Proyectos de investigación vigentes: “Indicadores de integridad ecológica y salud ambiental” (DCBS) y "Banco de Germoplasma de Recursos Genéticos Acuáticos y Fauna Silvestre" (DCBS).

Área en Consolidación. Creada en el año 2002 con el objetivo de evaluar el funcionamiento y el potencial productivo de los cuerpos de agua y generar información científica acerca de la manera en que operan los ecosistemas acuáticos ya sean naturales, transformados o diseñados, tomando como elemento primordial la manipulación del ciclo de vida de los organismos. Integrantes: Dra. Ana Laura Ibañez Aguirre, Dra. Alma Socorro Sobrino Figueroa, M. en C. Roberto Torres-Orozco Bermeo, M. en C. José Luis García Calderón, Dra. Mónica Cristina Rodríguez Palacio, M. en B. E. Sergio Humberto Álvarez Hernández, M. en C. Cruz Lozano Ramírez, Dra. Eloísa Pacheco Almazar  e Ing. Geol. Alberto Pérez Rojas. Proyectos de investigación vigentes: "Estudios biológico pesqueros de especies costeras y de aguas interiores mexicanas: Filogenia y Biogeografía" (DCBS), "Evaluación del estado de salud de organismos de importancia ecológica y/o económica presentes en sistemas acuáticos" (DCBS), "Grado de conectividad entre poblaciones de peces migratorios" (DCBS), "Las siembras de crías de peces. El potencial productivo de los sistemas acuáticos epicontinentales y los beneficiarios de la producción pesquera" (DCBS) y "Grado de conectividad entre poblaciones de peces migratorios" (CONACyT).